Insiste su un terreno di proprietà comunale di circa 7.000 mq. situato tra la ferrovia Venezia-Trieste e la piscina comunale, in via della Resistenza.
Nasce da un’idea dei soci della Sezione WWF del Portogruarese e da un progetto del Dott. Forestale Ivo Simonella.
I lavori, iniziati nell’agosto del 1988, sono consistiti in una serie di interventi di movimento terra per la realizzazione di un laghetto e di due collinette e nella piantumazione di circa 700 piante appartenenti ad oltre 100 specie diverse.
Le piante messe a dimora rappresentano tutte le principali specie arboree e arbustive spontanee in Italia.
Rispetto a un normale Orto Botanico, il Giardino Botanico di Portogruaro si caratterizza per il tipo di disposizione prescelta per le piante, che non segue un ordine sistematico.
Si è infatti scelto di seguire un criterio basato su considerazioni di tipo climatico forestale. Secondo alcuni studiosi l’Italia infatti è suddivisibile in cinque zone fitoclimatiche: la zona subtropicale delle querce sempreverdi (LAURETUM); le zone temperate calde delle latifoglie decidue, una più calda (CASTANETUM) e una più fredda (FAGETUM); una zona temperato-fredda delle conifere (PICETUM) e infine una zona fredda dove prevalgono gli arbusti (ALPINETUM). 
Il Giardino Botanico presenta proprio le piante raggruppate a seconda della zona fitoclimatica nella quale vegetano allo stato spontaneo. Percorrendolo dall’entrata verso la ferrovia sarà un po' come percorrere l’intera penisola italiana da nord a sud, incontrando tutte le principali formazioni arboree tipiche: l’orizzonte degli arbusti contorti, il lariceto, le abetine, le faggete, i boschi di pianura, i boschetti ripariali, le pinete litoranee, la macchia mediterranea.

Un esemplare per ogni specie e per ogni zona climatica è contrassegnato da un cartello che riporta il nome scientifico e comune.

Di recente è stato realizzato un kit didattico dedicato alle scuole elementari e medie allo scopo di far conoscere e “utilizzare” il Giardino botanico.